كان أحمد لطفي السيد وراء حملة التبرعات الخاصة بإنشاء أول جامعة أهلية في مصر العام 1908 "الجامعة المصرية"، والتي تحولت في 1928 إلى جامعة حكومية تحت اسم جامعة فؤاد الأول - جامعة القاهرة فيما بعد.
تبنى أحمد لطفي السيد المفهوم الليبرالي للحرية في أوروبا خلال القرن التاسع عشر مناديا بتمتع الفرد بقدر كبير من الحرية وبغياب رقابة الدولة على المجتمع ومشددا على ضرورة أن يكون الحكم قائما على أساس التعاقد الحر بين الناس والحكام. وهو صاحب القولة الشهيرة الاختلاف في الرأي لا يفسد للود قضية ونادى بتحديد مفهوم للشخصية المصرية رافضا ربط مصر بالعالم العربى أو تركيا أو العالم الإسلامي سياسيا، ويربط بين الجنسية والمنفعة، وكان أهم ما طرحه في هذا الشأن الدعوة إلى القومية المصرية كأساس لانتماء المصريين. كما نادى بتعليم المرأة، وتخرجت في عهد رئاسته للجامعة أول دفعة من الطالبات عام 1932. و طالب باستقلال الجامعة، وقدم استقالته حين تم إقصاء طه حسين عن الجامعة سنة 1932. كما قدم استقالته مرة أخرى حين اقتحمت الشرطة حرم الجامعة عام 1937. كما كان ضد إنشاء المدارس الدينية سواء إسلامية أو إرساليات مسيحية إضافة لرفضه إنشاء المدارس الأجنبية في مصر